A instalação da primeira armação baleeira na Madeira deu-se em 1940, com a chegada à Madeira dos primeiros baleeiros e das primeiras baleeiras vindas dos Açores e com construção de um “traiol” (Designação dada a estações de processamento rudimentares, que permitiam a extracção do óleo pelo meio de panelas de grande dimensão, assentes sobre fogo directo. Estas estações eram frequentemente desprovidas de rampas para varagem dos animais) localizado a Este da foz da Ribeira da Janela, no concelho do Porto Moniz.

Só no início de 1941 é que se deram os primeiros abates que ocorreram na zona Norte, esses animais forram transformados em óleo no referido “traiol”.

Em 1942 foi construída mais um “traiol”, desta vez no Caniço, mais concretamente no calhau do Garajau, esta construção visava aumentar a capacidade produtiva da armação baleeira e em poucos anos levou ao abandono do primeiro.

No fim da década de 40 foi iniciada a construção da fábrica do Caniçal, que substituiu o “traiol” do Garajau. Esta construção veio aumentar a capacidade produtiva da Empresa Baleeira da Madeira, por se tratar de uma unidade fabril muito mais moderna e melhor equipada.

O sucesso desta actividade baseou-se na construção de uma rede de vigias que, posicionadas em zonas costeiras altas, permitiam uma cobertura integral da costa da Ilha da Madeira, bem como uma cobertura parcial dos mares das Desertas e Porto Santo. Desta forma a ilha da Madeira possuía 8 vigias, sendo uma delas no Pico da Cruz (No complexo militar do RG3, em S. Martinho) e outra na Ponta do Garajau (Abaixo da estatua do Cristo Rei, no Caniço). Esta rede completava-se com 2 vigias na Deserta Grande. 1 no Bugio e 2 no Porto Santo. Estes edifícios davam abrigo aos homens que sondavam o mar em busca dos “espartos” (Termo importado dos Açores, para designar o sopro característico dos grandes cetáceos).

A caça atingiu o seu auge neste arquipélago na década de 50 e 60, com o pleno funcionamento das já referidas instalações fabris.

Nos anos setenta, com o crescimento do movimento internacional para a defesa das baleias, houve uma interdição de comercialização dos produtos extraídos destes animais por alguns países, que até então eram os principais compradores da produção madeirense, nomeadamente os Estados Unidos da América, a Inglaterra e a França. Essa interdição conduziu ao fim voluntário da baleação no arquipélago, que cessou em 1981.

A partir de 1986, o Decreto  Legislativo Regional Nº 6/86/M tornou as águas em redor do Arquipélago da Madeira, até às 200 milhas, numa espécie de santuário para baleias, golfinhos e outros mamíferos marinhos, nomeadamente para o raro lobo-marinho.

O Museu da Baleia narra toda a história da caça à baleia decorrida no arquipélago da Madeira. Os aspectos da biologia e da protecção das  baleias e golfinhos são abordados na exposição contribuindo para a  sensibilização de todos para a necessidade de preservar estes animais.