O Museu da Baleia da Madeira esteve nestes últimos anos, e encontra-se actualmente, envolvido em alguns Projectos de Investigação:

PROJECTO CETÁCEOS-MADEIRA II :Identificação de Áreas marinhas críticas para o roaz e Vigilância do estatuto de conservação dos cetáceos no Arquipélago da Madeira (Período de Execução: 2009-2013);

PROJECTO EMECETUS: Estudo, Monitorização e Educação para a Conservação de Cetáceos na Macaronésia (projecto ainda em desenvolvimento) (Período de Execução: 2006-2008);

PROJECTO MACETUS: Estudo da estrutura populacional, distribuição, movimentos e utilização do habitat do Physeter macrocephalus, Globicephala macrorhynchus, Tursiops truncatus e Stenella frontallis na Região Macaronésica (Período de Execução: 2003-2006);

PROJECTO GOLFINICHO: Segregação do nicho ecológico em duas espécies de golfinhos nos Açores e na Madeira (Período de Execução: 2005-2007);

PROJECTO CETÁCEOS-MADEIRA: Projecto para a conservação dos cetáceos no Arquipélago da Madeira (Período de Execução: 2000-2004);